Diferentes salidas para números de coincidencias perfectas de datos de microarrays usando paquetes oligo y affy

Soy nuevo en bioinformática y estoy aprendiendo sobre los paquetes "affy" y "oligo" mediante el análisis de datos de perfiles de expresión con el número de acceso GSE99941. Corrí pm()de "Affy" y "Oligo" pero obtuve resultados diferentes.

celpath <- "C:/Users/win/Desktop/Dataset/Dataset/"
li1 <- list.files(celpath , full.names = T)
library(oligo)
library(affy)
dat1 <- read.celfiles(li1)  #ExpressionFeatureSet
dat2 <- ReadAffy(celfile.path = celpath)
pms1 <- oligo::pm(dat1) #pm stands for perfect match.
pms2 <- affy::pm(dat2)

Esta pantalla es de RStudio

También recibí un mensaje de advertencia cuando ejecuté dat2 <- ReadAffy(celfile.path = celpath):

Warning message:
The affy package can process data from the Gene ST 1.x series of arrays,
but you should consider using either the oligo or xps packages, which are
specifically designed for these arrays.

¿Hay algún problema?

Answer